Para la época en la que se descubrieron las obras de arte rupestre, otras cuevas con arte paleolítico contaban con un largo histroial de explotación para el turismo. Las obras de arte de Altamira, Santimamiñe o Lascaux estaban sufriendo graves daños a causa de la presencia humana y los trabajos realizados para permitir la entrada de turistas.
Oscuridad, tenperatura fresca constante y humedad relativa constante del aire son características propias de las cuevas. Muchas de ellas han sufrido cambios para acondicionarlas a los visitantes, rompiéndose así su frágil equilibrio natural y poniendo en serio peligro las obras de arte paleolíticas. Tenemos ejemplos muy palpables del daño causado por la presencia humana en el arte rupestre en cuevas como la de Santimamiñe en Bizkaia, Altamira en Cantabria o Lascaux en Francia.
Desde un principio, los expertos de la Sociedad de Ciencias Aranzadi tuvieron muy claro que la única forma de proteger las figuras rupestres de Ekain era mantener la cueva cerrada al público. La lucha para lograr ese objetivo fue larga y dura, pero se consiguió.
En 1984, Ekain fue declarado Monumento Histórico-Artístico Estatal y en 2008 la UNESCO calificó Ekain como Patrimonio Mundial de la Humanidad.
Sin embargo, esa política de protección tiene un problema, muy poca gente ha tenido el privilegio de disfrutar de las figuras rupestres de Ekain. Había necesidad de difundir ese maravilloso patrimonio artístico guardado en esa joya del Cuaternario y la forma elegida para hacerlo fue construir una réplica.
La idea de una réplica de la cueva de Ekain, en el contexto de un museo de prehistoria, fue formulada por primera vez en 1985 por Jesús Altuna (director de la sección de Prehistoria de la Sociedad de Ciencias Aranzadi en aquel momento). La idea provenía de la réplica de la cueva cantabra de Altamira (Santillana del Mar, Cantabria) realizada por el Deutsches Museum de Múnich en la década de 1960 y de la réplica de la cueva de Lascaux (Montignac, Francia) en la década de 1980.
Aunque el camino hasta conseguir el objetivo fue largo, duro y lleno de obstáculos, el 11 de septiembre de 2008 abrió sus puertas Ekainberri.

La encargada de construir la escenografía del interior de la réplica ha sido la empresa eibarresa Alfa Arte. Se ha conseguido reproducir lo más exactamente posible el aspecto de una cueva real.
El edificio que contiene la réplica de Ekainberri es un diseño de José María Alberdi, arquitecto municipal de Zestoa. Se trata de un espectacular edificio de hormigón y acero corten, que se fusiona con el entorno natural en el que se sitúa.
El proyecto de Ekainberri forma parte de una iniciativa más amplia. Su objetivo es proteger el valle de Sastarrain en su totalidad, parte de un trabajo integral y complejo para proteger todo el entorno natural de la cueva de Ekain, que abarca una superficie de 121 hectáreas de terreno.